Зачем это надо?
1. Мне лень переустанавливать винды. Сам процесс занимает немного времени, но установка остальных программ является настоящим адом.
2. Люблю брать различные компашки с различным софтом и смотреть как он работает. После софта в реестре остаётся много различного мусора, который очень сильно влияет на размер реестра, и в конце концов, на скорость машины.
3. На работе часто приходится устанавливать винды на новые машины, а кому понравится когда его отвлекают.
4. Дома стоит Миллениум, из которого убраны руками множество ненужных на мой взгляд функций. Второй раз повторить это будет сложно.

Вроде указал большинство причин. Итак:
Берем работающую винду, запускаем под ней виндовс коммандер (можно воспользоваться любым файл-менеджером, главное что бы он понимал длинные имена). Устанавливаем в обоих окошках командира: "Показывать скрытые/системные файлы", вид - "все файлы", "без сортировки". В виндовс командире я убираю ещё птичку с "в обратном порядке". То есть мы готовимся копировать все файлы в том порядке, каком они идут на жёстком диске. Берём с диска с: папки "виндовс", "программные файлы" и файлы в корневой директории (это обязательный список) и копируем на другой винт, предварительно отформатированный (или по крайней мере ПОЛНОСТЬЮ очищенный от всех файлов). Можно не обязательно на чистый диск, можно сделать резервную копию - просто скопировать на какой-нибудь диск, но тогда этот диск НЕЛЬЗЯ оптимизировать никаким дефрагментатором. На ругань виндозы, типа не вижу файл Win386.swp сказать - пофигу.
Итак, скопировали.
Перегружаем машину, устанавливаем в БИОСе загрузку с этого винта. Оппа! Поехала! Значит всё сделано правильно.
Я так устанавливаю виндозы на новые тачки: лежит у меня на винте копия только что установленной винды (+оффис, инсталляция, работающая сетка). Винт с новой тачки снимаю и цепляю к себе. Копирую копию винды на винт. Запускаю его на новой машине. ВСЁ! 5 минут, а уже имеем работающий компьютер с установленным оффисом!!! (Сборщикам компов - всем поднять за моё здоровье Остаётся настроить сеть, поменять драйвера и нервы ваши опять гладкие и шелковистые...
Дома я так делаю когда у меня накопятся всякие программы или захочется покопаться мне в реестре и покастрировать винду. Запускаюсь с копии и работаю. Если понравилась прога, то и на основном винте ставлю.
Кстати, в таком использовании двух винтов есть ещё очень большой плюс. Большинство устанавливаемых программ можно ставить только один раз в жизни, на копию винды. Если потом перегрузиться на основной винт и попробовать её запустить, то в 80-90% она работает без ущерба для здоровья. Исключение составляют здоровые пакеты чего-нибудь, которые пишут свои ДЛЛки в System, или ещё куда-нибудь. И те проги, которые итегрируются в системы (оффис). Их придётся ставить каждый раз. Все остальные можно смело копировать на какой-то выделенный диск и пользоваться независимо от количества установок виндозы. Зачем каждый раз повторять инсталляцию?

Некоторые проги (Нортона утилиты, Nuts&Bolts, VisualRoute) несмотря на то что и пишут куда-то свои ДЛЛки, но позволяют скопировать эту ДЛЛку к себе в каталог и запускаются без проблем. Вообще, чтобы скопировать такой пакет утилит надо посмотреть у него в папке uninstall файл, там часто в некодированном виде расписано где что положено и откуда всё брать.